診治項目包括大腸直腸肛門腫瘤、大腸直腸息肉、直腸脫肛、結腸憩室炎症、直腸陰道瘻管、直腸陰道脫垂、肛門搔癢症、痔瘡、肛門直腸周圍膿瘍與廔管之治療。另外本科對於腸蠕動異常、便秘、排便困難、排便失禁等大腸直腸肛門之生理病理變化亦有特別研究。配合精密的儀器檢查，可早期發現、早期治療，提供病患完善之醫療和手術，改善病患的生活品質。
本科有一位癌症個管師，負責追蹤所有本院收案之大腸直腸癌病人，定期訪問病人術後的生活品質，提醒病人定期來院追蹤檢查，也可以回答病人的疑問，是病人和醫師之間一個很好的橋樑。
當出現下列症狀時，病患應立即前來就診：大便出血、慢性貧血、長期便秘、腹脹、腹瀉、大便習慣改變、大便變細、大便頻繁、大便失禁、長期性腹痛、肛門疼痛、肛門脫垂、肛門周圍結節或化膿。
大腸直腸外科主要治療疾病如下：
對大腸直腸癌高危險群(家族史、息肉患者或曾患大腸直腸腫瘤、家族性息肉症候群等)進行篩檢、以期早期診斷早期治療、提高治癒率。
對大腸直腸之良性腫瘤、息肉，可利用內視鏡得以早期診斷，並加以切除治療，以預防大腸直腸癌之發生。如果不適合用大腸鏡切除、則視病情可用腹腔鏡手術將病灶腸道切除、可避免剖腹手術及其可能發生之傷口感染和剖腹傷口疝氣之發生、並可縮短手術後之麻痺性腸阻塞時間、減少剖腹手術後之傷口疼痛、而且腹部所留疤痕很小、比較美觀、同時減低將來發生沾黏性腸阻塞之機率、加速復元、縮短住院時間、提早恢復正常活動與工作。
根據衛生福利部的統計、自民國七十一年以來、癌症一直高居台灣地區十大死亡原因的第一位。大腸直腸癌的發生率也有逐年增加的趨勢。衛生福利部最近的報告，台灣及外島地區大腸直腸癌為第三位主要癌症的死亡原因（約佔10.7%），而發生率已上升為第一名。治療方法主要仍以外科手術為主、輔以放射線和化學治療及標靶免疫療法。預後情形主要視癌症之期別而定、故應早期診斷早期治療。對惡性腫瘤之手術首重根治性、除了切除腫瘤及鄰近腸道外、對淋巴結也行廣泛性之清除。另外如有淋巴結轉移(第三期病患)、則應接受輔助性化學治療，以提高存活率，降低復發率。對於直腸癌患者應盡量採行肛門保留手術、以維持術後生活品質、對於侵犯較深的病灶則增加放射線治療、以達局部控制之效。至於術前評估可能無法保留肛門的病人，我們可根據臨床狀況加以術前放射線及化學治療，如此可以增加保留肛門的機率及降低局部復發率。
目前本院對於大腸直腸癌手術，大部份都改以腹腔鏡手術來取代傳統的剖腹手術，但有些不適合的病人，仍需以傳統手術治療。腹腔鏡手術有著傷口美觀、恢復快而且在癌症治療預後上可以達到和傳統手術一樣的效果。
此外，為達到大腸直腸癌更有效率的治療，特成立大腸直腸癌治療團隊，成員包括各科的專科醫師及護理人員，每個月定期舉行會議，討論每位大腸直腸癌病人的治療方式，以期達到更好的預後。另有一位癌症個管師及癌症資料庫登記人員，使我們有更完善的病人追蹤及統計。
A. 痔瘡
痔瘡雖不是嚴重的疾病、但一旦犯起來,也非常痛苦、令人坐立難安。對痔瘡之處置係本科之另一專長。對於輕度症狀者可用藥物治療、如有出血之內痔則可用橡皮筋結紮法、所謂"結紮法"、就是以橡皮筋結紮器將痔瘡用兩條直徑約兩公釐大的橡皮筋紮起來、而一次結紮一個痔瘡、只需要十秒鐘的時間、即可簡單方便快速的在一般門診即可完成、疼痛較少、預後較快、對於受痔瘡折磨卻又忙碌的上班族、將不失是一個更便利的除痔選擇。故"有痔"之士不一定要藉助開刀才能去除。但如併有外痔則動手術開刀仍是最常使用的一種方法。
對於風行一時的無痛開刀方法(PPH, procedure for prolapsed hemorrhoid)，經過醫師的評估之後，如果合適者，而病人又願意負擔費用，我們也會採行此方式，讓病人不再因為痔瘡術後的強烈疼痛，而害怕開刀。
108年開始使用超音波諧振刀作微創痔瘡切除手術，降低術後疼痛，加快復原時間。
B. 肛門膿瘍及廔管:
肛門膿瘍和肛門廔管單靠內科的保守療法是無法痊癒、唯有外科手術才可以根本治癒。在罹患肛門膿瘍初期時可以採用切開引流排膿.一旦廔管形成、就必須接受廔管切除術或廔管切開術等根治性手術治療、後者較前者對於肛門括約肌破壞性較小、而且傷口癒合也比較快、近年來已廣被採用。對於膿瘍及廔管之處置尤需有經驗之大腸直腸外科醫師、以避免復發以及日後肛門控制功能受影響而失禁。
C. 肛裂:
對於急性肛裂可以試行增加纖維素攝取、藥物及溫水坐浴來改善。慢性肛裂則以肛門擴張或手術治療為主。
D. 提肛肌痙攣症候群:
病人半夜突因肛門疼痛而醒、或因久坐後而感覺肛門不適、皆係因提肛肌痙攣所造成、對於急性患者可以栓劑、溫水坐浴及Thiel氏按摩法來改善、如果延誤治療而形成慢性提肛肌痙攣症候群、則需以局部藥物注射、療程較長。
E. 肛門搔癢症：
針對有部份門診病人主訴為肛門嚴重的搔癢，甚至有些人會在大庭廣眾下抓癢，極為不雅觀。大部份的病人，都能以局部衛生照護及抗組織胺藥膏緩解症狀。
E. 肛門腫瘤:
肛門之上皮細胞癌，根據文獻上的統計，建議以化學治療加放射線同時治療為主，其治療效果不亞於外科手術療法，而且病人可以免於開刀的痛苦及同時保留肛門。
A. 便秘:
常見的便秘皆能透過自我的生活習慣調適、放鬆心情、以及增加纖維及液體的攝取而獲得改善、切勿亂服瀉藥及灌腸。如果症狀持續、即宜找專科醫生診治、更應小心因大腸直腸腫瘤引起腸阻塞所造成的便秘。如果經大腸蠕動時間檢查確係大腸運動功能失調而導致便秘者、可考慮用手術處理。如果經動態排便攝影檢查發現係因骨盆腔功能失調者、可用藥物、骨盆腔訓練及生物迴饋法來治療。倘係因直腸陰道脫垂則可考慮用手術修補。
B. 大便失禁:
可用藥物改善排便習慣、骨盆腔訓練及生物迴饋法來治療。如係因為肛門括約肌外傷撕裂(例如自然生產)而引起者、可以手術修補。
排便攝影可以評估排便困難的原因、並記錄直腸陰道脫垂的存在與大小及顯示不同程度的骨盆直腸異常。大部份病患均可以給予高纖維飲食、教導正確的排便方法和對恥骨直腸肌異常收縮的生理迴饋控制等保守療法來改善症狀、只有少數病人需要進行手術治療。
A. 發炎性腸疾患:
潰爛性大腸炎或克隆氏症、皆應利用藥物控制並長期追蹤以預防演變成惡性腫瘤。
B.大腸憩室症:
以藥物治療為主、如有出血、發炎、膿瘍乃至於大腸穿孔、腹膜炎、則需外科手術治療。
C.下腸胃道出血:
十分之九為急性下消化道出血。常見原因抱括憩室炎症、缺血性結腸炎、放射性直腸炎、血管發育不良、結腸直腸息肉、腫瘤、痔瘡及肛裂等。一般以藥物治療為主、但如出血量過多則以血管攝影找出出血點、再以手術治療。
D.放射性直腸炎 :
放射線治療所引起的直腸炎狀常見於接受骨盆腔放射線治療的患者(例如直腸癌、膀胱癌、子宮頸癌、攝護腺癌等癌症)、放射性直腸炎可分為急性和慢性兩種。急性直腸炎發生於放射治療的過程中、患者臨床表徵有炎性腹瀉、黏液便、肛門痛、會陰痛、裹急後重等、但急性直腸炎的症狀通常在放射治療結束後數週內會自行痊癒。慢性放射性直腸炎則通常發生在放射治療半年後、其症狀包括持續性腹瀉、肛門疼痛、腸蠕動頻繁、如廁次數增加及直腸出血等。慢性放射性直腸炎所引起的直腸出血及貧血可先利用紅內線凝固及局部福馬林擦拭治療。但如出血量過多則有性命危險、可能需以手術治療。